O processo histórico da colonização e desenvolvimento de Rio do Sul é riquíssimo. Muito há que se contar sobre a história de uma gente que se embrenhou na Mata Atlântica, venceu as dificuldades impostas pelo meio e conseguiu o aldeamento dos índios Xokleng que até então eram vistos como inimigos dos colonizadores.
Rio do Sul começa a surgir com a tentativa de integração das povoações do litoral com os núcleos populacionais da região serrana. Toda a política imigratória do Vale do Itajaí foi realizada com esta finalidade, tornando Blumenau importante centro nas áreas de colonização. O Rio Itajaí-Açu desempenhou papel fundamental na fixação dos colonizadores na região do Alto Vale do Itajaí. O núcleo populacional que se formou às margens do rio chamava-se "Suedarm" ou seja, Braço do Sul. Em 1912, o local passou a chamar-se Bella Alliança.
O nome Rio do Sul veio somente em 1931 com emancipação política. Os tropeiros que se aventuraram pelas picadas construídas em 1878 pelo Engenheiro Emil Odebrecht, para ligar a Colônia Blumenau a Lages, precisavam esperar o período de estiagem para atravessar o Rio Itajaí do Sul.
Para facilitar as comunicações, Dr. Blumenau mandou construir uma balsa em 1890. O balseiro Basílio Corrêa de Negredo enfrentou a hostilidade indígena e construiu sua choupana, que marcou o ponto de partida da formação do núcleo que, durante muito tempo, permaneceu com características rurais, desenvolvendo uma agricultura de subsistência nos lotes dos colonos de origem alemã e italiana nas várzeas do Itajaí-Açu e seus afluentes.
A descoberta do documento mais antigo de Rio do Sul, o Diário de Francisco Frankenberger alterou em partes fatos históricos da colonização de Rio do Sul. Estudos do documento culminaram com a determinação do dia da colonização, como sete de setembro de 1892. Correntes de povoamento passaram a procurar o Alto Vale do Itajaí, formadas por descendentes da colônia de Blumenau que encontravam dificuldades para manter-se próximos das terras dos seus pais, devido ao alto preço.
Para Rio do Sul, vieram os colonos dispostos a enfrentar todas as vicissitudes do meio ambiente, num isolamento quase total, devido às dificuldades de comunicação. O movimento migratório para as terras do Alto Vale, intensificou-se a partir da segunda década do século XX, quando foram, em parte, solucionados os conflitos entre os brancos e os índios. Os “Bugres” foram aldeados numa área para eles reservada com 20.000 hectares, às margens do Rio Plate, no atual município de José Boiteux..
Os concessionários do governo passaram a percorrer todo o litoral fazendo propaganda de novas terras para a colonização, com o objetivo de expandir as correntes migratórias, que subiram o Alto Vale do Itajaí, fazendo crescer os núcleos germânicos e italianos. A construção de estradas, contratadas pelo governo, cujo pagamento era realizado pela concessão de terras devolutas para serem colonizadas alavancou este progresso.
Rio do Sul impôs-se aos demais núcleos do Alto Vale do Itajaí desde o início, graças à sua posição geográfica privilegiada. Estrategicamente localizada, no ponto de encontro das rodovias, começou a desenvolver um intenso comércio de produtos extraídos da área rural, enquanto a indústria surgia aos poucos. Outro fato que desencadeou o crescimento, foi a construção da Estrada de Ferro, (hoje extinta) com planos de reimplantação através da Tremtur, permitindo a exploração de novas fontes de economia, como foi o caso da madeira.